一九八九年的夏天，我們的母會，士嘉堡福音浸信會遷進新會址。因有部份家庭並不打算到新址聚會，而原址附近並沒有其他華人教會，故執事會議決由該等家庭維持這福音的據點。一九九零年一月七日，三十八位弟兄姊妹在萬峰公立小學舉行第一次的崇拜聚會。萬峰浸信會這顆種籽就如此播下了。

       一九九三年四月，我們正式自立為萬峰浸信會。同年夏天，我們聯同母會舉辦到滿地可之短期宣教活動，內容包括街頭佈道、唱詩等，向唐人街的居民傳講耶穌基督救人的福音；其中不乏第一次聽聞福音的。此外我們非常重視英語事工；同年秋天，我們舉辦首次青年退修會。我們亦首次舉辦了教會夏令會、差傳年會及浸禮等。

       由於租借學校帶來各種的不便，在一九九四年我們憑信心購入一幢工業平房，期待在裝修後可將其改作教會用途。同一時間，我們首任的牧者黃文超牧師離職。經過六個月的等候，我們聘得黃澤晃牧師擔任主任牧師一職。在同年期間，我們得到何翡碧姊妹作部份時間同工，協助耆老及婦女事工。一九九五年初，我們開始申請改變會址的土地用途。我們又加入安省魁省之浸信會聯會為會員。是年夏天我們往渥太華作短期宣教。每次為神事奉當中，神都恩待我們，叫我們對世事的眼光大開。一九九六年春天，我們開展監獄事工；夏天時又聯同其他教會參與頤康中心之崇拜工作；我們又再次推動「三腳凳」的運動 (勤讀聖經、彼此關顧、及傳揚福音) 之小組事工，直至今天。

       直至一九九八年，神驅使士嘉堡市議員接受我們改變土地用途的申請；我們同時亦決定在原地重建整個建築物。另外，神為我們差派周如蕙姊妹加入本會為英語事工主任，解決我們等候多時的困境。